Machine learning-based gait classification and genome-wide association identify a QTL for gait type in Colombian paso horses

¿Cuál era el problema?

La coordinación de los andares en los mamíferos depende de circuitos nerviosos de la médula espinal, en los que el gen DMRT3 cumple un papel central regulando el paso y los andares alternativos (como el tölt islandés). Sin embargo, este gen no explica las diferencias entre los dos andares especializados del Caballo de Paso Colombiano (CPC): la trocha y el trote colombiano. Hasta ahora, además, la clasificación de estos andares dependía de la evaluación subjetiva de jueces expertos, lo que dificultaba su estudio genético riguroso.

¿Qué hicieron los investigadores?

• Colocaron sensores inerciales (IMU) en 225 caballos y registraron más de 226.000 zancadas durante desplazamientos en terreno recto.
• Entrenaron un modelo de inteligencia artificial (red LSTM) para clasificar de forma objetiva el tipo de andar, validado contra un grupo de referencia evaluado por expertos en biomecánica del CPC.
• Con este fenotipo objetivo, realizaron un estudio de asociación de genoma completo (GWAS) en 85 caballos, usando un chip de genotipado de alta densidad (670.000 SNPs).

  Hallazgo clave: identificaron un nuevo locus genético (QTL) de 2.43 Mb en el cromosoma ECA16 que explica el 48.6% de la variación en el tipo de andar — y que actúa de forma independiente al gen DMRT3.

¿Qué encontraron exactamente?

La región identificada contiene 32 genes en total; entre los más relevantes destacan LHFPL4, SRGAP3 y ATP2B2, vinculados al neurodesarrollo y a la regulación muscular, con evidencia de una posible interacción funcional entre ellos. Curiosamente, una de las variantes (rs1147402472-C) aparece en distintas razas de caballos de silla o “gaited” en todo el mundo, pero el haplotipo específico del trote colombiano no se encontró en ninguna

otra raza estudiada, lo que sugiere una selección particular y reciente en el CPC.

¿Por qué es relevante?

• Es el primer estudio que combina IA + genómica de alta densidad para entender la genética del andar en el Caballo de Paso Colombiano.
• Abre la puerta a futuras pruebas genéticas de apoyo a la selección y cría de la raza.
• Amplía el conocimiento general sobre la arquitectura genética de la locomoción coordinada en mamíferos, más allá del caballo.

Cita sugerida (APA 7)

Novoa-Bravo, M., Meadows, J. R. S., Serra-Bragança, F., van de Vall, B., Kullander, K., Rhodin, M., & Lindgren, G. (2026). Machine learning-based gait classification and genome-wide association identify a QTL for gait type in Colombian paso horses. iScience, 29(7), 116320. https://doi.org/10.1016/j.isci.2026.116320